Les Francs dévastent alors la cité en représailles. L'île de Maguelone est alors abandonnée et devient un repaire de pirates... Le clergé et le pouvoir politique s'installe dans les villes voisines. Pendant près de 300 ans, Maguelone reste un tas de ruines perdu au milieu des étangs. En 1040, l'évêque Arnaud décide de relever la cathédrale et d'édifier un ponton de bois de 1 km entre l'île et la terre ferme. Pour éviter les pillages de pirates le clergé fait construire des remparts, puis un cloître, des tours, et, plus tard, de seconds remparts. La cathédrale est alors une formidable forteresse et devient seconde après Rome. Pendant 500 ans, l'île va rester le siège des évèques, et c'est vers 1500 que tout va de nouveau basculer. Montpellier, ville distante d'une douzaine de kilomètres, connaît un essor considérable. La vie y est plus douce et animée que sur l'île austère de Maguelone. L'évèché quitte alors définitivement la cathédrale. Ironie du sort, en 1562 les protestants trouvent un asile favorable dans les fortifications vacantes ce qui incite Richelieu à ordonnner son démantelement. Les pierres trouvent alors une utilisation dans la construction du canal du Rhône à Sète. Il ne reste sur l'île que la cathédrale dénudée. La famille Fabrègues rachète l'île en 1852 et y mène une importante restauration. Le dioscèse reprend possession de cette terre un siècle plus tard.
Aujourd'hui, la cathédrale de Maguelone est peu à peu restaurée et accueille des dizaines de milliers de visiteurs par an. Un musée verra probablement le jour prochaînement à proximité de la cathédrale.

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